2007年雖有來自巴西的學者宣稱亞馬遜河長度更勝一籌，但尚未獲得全球地理學界的普遍認同。尼羅河有兩條主要的支流，白尼羅河和青尼羅河。發源于埃塞俄比亞高原的青尼羅河是尼羅河下游大多數水和營養的來源，但是白尼羅河則是兩條支流中最長的。尼羅鱷居于此地。
尼羅河流域南起東非高原，北抵地中海岸，東倚埃塞俄比亞高原，并沿紅海向西北延伸，西鄰剛果盆地、乍得盆地并沿馬臘山脈、大吉勒夫高原和利比亞沙漠向北延伸。流域地貌可簡單歸結為以下三點，主要由結晶巖組成的東非高原和由熔巖構成的埃塞俄比亞高原分別踞于流域的南側和東南側，整個蘇丹基本上是一個由南往北微緩傾斜的巨大構造盆地，尼羅河縱貫其間，喀土穆以下尼羅河東西兩側則為廣闊的沙漠臺地。