申請正式設立獨立學院，審批機關應當按照民辦教育促進法規定的期限，作出是否批準的決定。批準的，發給辦學許可證；不批準的，應當說明理由。
獨立學院設立理事會或者董事會，作為獨立學院的決策機構。理事會或者董事會由參與舉辦獨立學院的普通高等學校代表、社會組織或者個人代表、獨立學院院長、教職工代表等人員組成。理事會或者董事會中，普通高等學校的代表不得少于五分之二。
理事會或者董事會由5人以上組成，設理事長或者董事長1人。理事長、理事或者董事長、董事名單報審批機關備案。
獨立學院的理事會或者董事會每年至少召開2次會議。經三分之一以上組成人員提議，可以召開理事會或者董事會臨時會議。理事會或者董事會會議應由二分之一以上的理事或者董事出席方可舉行。